岛屿争端产生的原因不尽相同。目前全球存在的岛屿争端中，许多是殖民时期或历史上留下的“后遗症”。伊朗和阿联酋对阿布穆萨岛的争夺是典型的殖民时代遗留问题。1971年11月，英国殖民势力撤离该地区后，并没有清晰地判定位于霍尔木兹海峡入口处的阿布穆萨岛、大通布岛和小通布岛的归属，这为后来阿联酋和伊朗之间的岛屿冲突埋下了隐患。中日钓鱼岛争端既属于19世纪日本殖民侵占的遗留问题，也是二战后对日本战争罪行清算不彻底的后果。有的岛屿争端是由于一些国家在历史上经历了分裂或合并而遗留下来的历史悬案。例如，马来西亚与新加坡对白礁等岛礁的争端。1963年马来西亚联邦成立时，新加坡曾是联邦的一部分。1965年，新加坡宣告脱离联邦，成为一个独立的主权国家。两国都宣称对白礁等岛礁拥有主权。有的岛屿争端则是因为争议岛屿位于具有重大战略意义的地理位置。例如，俄罗斯与乌克兰的图兹拉岛之争。该岛位于连接亚速海和黑海的刻赤海峡中段，是刻赤海峡门户，战略地位十分重要。苏联解体后，俄乌两国在刻赤海峡界定问题上分歧严重，图兹拉岛主权问题也长期难以解决。岛屿争端产生的原因是多样的，很多时候是各种因素综合作用的结果。